Dans le chapitre final de la trilogie X-Men, les mutants affrontent un choix historique et leur plus grand combat... Un "traitement" leur permet désormais d'échapper à ce qu'ils sont. Pour la première fois, ils ont le choix : conserver ce qui fait leur caractère unique mais leur vaut la défiance et la méfiance de l'humanité, ou bien abandonner leurs pouvoirs et devenir des humains à part entière.

Les points de vue opposés des leaders des mutants, Charles Xavier, qui prêche la tolérance, et Magneto, qui croit à la survie des plus adaptés, sont plus que jamais incompatibles et vont déclencher la plus acharnée des batailles.

La vie a repris son cours normal à part pour Scott. Ce dernier entend la voix de Jean. Il se rend sur le lieu de la disparition. Pendant ce temps, une société privé a trouvé un remède pour rendre les mutants humains. Magneto veut que les mutants se battent contre le gouvernement pour le retrait du remède.

Ce dernier film est un petit bijou. On en apprend un peu plus sur le passé de Jean et sur son personnage. Certains personnages vont se voir se poser des questions tandis que d'autres iront en guerre contre Magneto. Après la mort du professeur, le doute s'installe à l'école et sur les événement à venir.